Bei der Entsorgung und Verwertung biogener Reststoffe eignen sich „trockene“, langfaserige Reststoffe und Abfälle mit hohem Holzanteil eher für die Kompostierung, während „nasse“, flüssige Reststoffe für die Biogasproduktion in Frage kommen.

Diese „flüssigen“ Reststoffe sollten 5 bis 15 Prozent feste Bestandteile (Trockensubstanz) enthalten. Die Biogasproduktion ist sowohl mit Flüssigmist (Gülle), z. B. bei einstreulosen Spaltenböden, als auch mit Festmist aus einer Tierhaltung mit Stroheinstreu möglich. Damit sich die festen Bestandteile nicht während des Gärprozesses im Fermenter als „Schwimmdecke“ auf der Gülle absetzen und den weiteren Prozessablauf behindern, wird das Substrat durch ein mechanisches Rührwerk durchmischt.

Die Tabelle enthält den Biogasertrag verschiedener biologischer Reststoffe: effizient verwertbar ist ein möglichst energiereiches Substrat (z. B. hoher Fettanteil). Die chemische Zusammensetzung der Gülle ist stark von der Tierart und dem verwendeten Futter abhängig. So unterscheiden sich die Ausscheidungen des Wiederkäuers Rind mit mehreren Mägen erheblich vom Allesfresser Schwein mit einem Magen.

Biogasanlagen können auch geeignete Bioabfälle von außen aufnehmen, umsetzen und entsorgen (so genannte Kofermentation). Jeder als Koferment verwendete Bioabfall muss vorab abfallrechtlich genehmigt werden. Geeignet sind u. a. Abfälle von Brauereien und Brennereien, aus der Obst- und Gemüseverarbeitung, der Lebensmittelindustrie sowie Schlachthofabfälle und Speisereste. Voraussetzung ist, dass diese Abfälle ohne Fremdstoffe, schadstoffarm und nicht infektiös sind. Bioabfälle müssen aus hygienischen Gründen im Prozessverlauf für eine Stunde auf 70 °C erhitzt werden.

Als Kofermente können auch bestimmte Energiepflanzen (z. B. Getreidekörner, Mais- oder Grassilage) eingesetzt werden. Die Kofermentation kann sowohl die Gasproduktion als auch die Betriebsbilanz einer Biogasanlage verbessern.

Durchschnittliche Biogaserträge verschiedener biologischer Reststoffe