Eine in der Praxis häufig anzutreffende Konfiguration von Biogasanlagen auf landwirtschaftlichen Betrieben besteht aus abgedeckter Vorgrube, Fermenter, gegebenenfalls Nachgärer, Biogasspeicher, BHKW mit Wärmeverteiler sowie einem Lagerbehälter für den Gärrückstand.

Die Gülle wird in der abgedeckten Vorgrube gesammelt und mehrmals täglich in den Fermenter (Gärbehälter) für die Biogaserzeugung gepumpt. Zur Entlastung des biologischen Prozesses, und um eine gleichmäßige Gasproduktion zu erzielen, wird das Gärsubstrat häufig nur bis zu einem Abbau der organischen Substanz von bis zu 60 Prozent im Fermenter belassen. Die letzten Prozente an Gasausbeute werden dann in der Regel in einem Nachgärer realisiert.

Aus dem Fermenter und gegebenenfalls dem Nachgärer wird das Biogas in einen Folienspeicher geleitet und vor dort in ein kontinuierlich arbeitendes Blockheizkraftwerk (BHKW) abgegeben. Dieses produziert Strom für das öffentliche Netz sowie Wärme für den Eigenbedarf der Biogasanlage und den Hof. Eine immer wichtiger werdende Alternative ist die Entkopplung von Biogasproduktion und Verwendung. Dann wird das Rohbiogas durch einen Aufbereitungsprozess auf Erdgasqualität gewaschen und angereichert, um es anschließend als Biomethan in das Erdgasnetz und schließlich in ein BHKW einzuspeisen, dessen Standort eine optimale Wärmenutzung garantiert.

Für den Gärrückstand muss eine Lagerkapazität von mindestens 120 Tagen vorgehalten werden. Er wird als Dünger zu einem für das Pflanzenwachstum optimalen Zeitpunkt auf dem Acker ausgebracht.

Ein derartiges Anlagenkonzept ist eine „Nassvergärung mit quasi kontinuierlicher Beschickung“. Daneben gibt es noch „Nassvergärungen mit diskontinuierlicher Beschickung“, d. h. es existieren mindestens zwei Fermenter, die abwechselnd voll gefüllt und dann für die Prozessdauer nicht mehr „geöffnet“ werden.

„Trockenvergärungen“ sind derzeit in der Entwicklung. Sie arbeiten mit einem „festen“ Substrat (bis zu 50 Prozent Feststoffe) in einem Behälter, bei dem die austretende Flüssigkeit kontinuierlich das Substrat von oben benetzt.